پس از بازنشستگی از مربیگری، بکن باوئر در مدیریت فوتبال به فعالیت های خود ادامه داد اما در سال ۲۰۱۶ توسط کمیته اخلاق فیفا به دلیل همکاری نکردن با تحقیق درباره فساد در مورد اعطای جام های جهانی ۲۰۱۸ روسیه و قطر ۲۰۲۲ از سوی فیفا جریمه شد.
او در اواخر عمر، با بیماریهای مختلفی همچنین، پارکینسون و زوال عقل دست و پنجه نرم کرد